Néhányan a bonsai készítők szemére vetik, hogy szerintük kínozzák a növényeket. A metszés, drótozás valóban fájdalmat okozhat a növénynek (elsosorban a helytelen metszés,drótozás, stb.), de ha alaposan megnézünk egy szakszerűen nevelt bonsait, megértjük, hogy a metszés csak egy szükséges eljárás, (pl. a kertben lévő fákat is metszik) és összességében a növény profitál a gondoskodásból annak ellenére, hogy a cserépben soha nem érheti el a genetikailag beléprogramozott maximális méretet.
Tehát a bonsai művészet, melynek célja a korábban a természetben megfigyelt növények (elsősorban fák) miniatürizált változatokon keresztüli szimbolizálása. Nem silány utánzásra kell itt gondolni, hanem tényleg magát az élőt és az élőlények harmonikus kapcsolatait, a lényeget kell megragadni.